La vie institutionnelle de l’université est organisée autour d'une instance décisionnaire, le Conseil d’administration (CA), et de deux instances consultatives, le Conseil scientifique (CS) et le Conseil des études et de la vie universitaire (CEVU). Les trois conseils regroupent au total 140 élus enseignants et enseignants chercheurs, personnels administratifs et techniques, étudiants et personnalités extérieures. Le président de l'université par ses décisions, le CA par ses délibérations, le CS ainsi que le CEVU par leurs propositions, leurs avis et leurs vœux, assurent l'administration de l'université. Autour du président une équipe élargie de vice-présidents, vice-présidents délégués et chargés de mission travaille en étroite collaboration et se répartit les responsabilités par pôles de compétence. L’université dispose d’une administration générale composée de services administratifs et techniques, tous placés sous la responsabilité du secrétaire général de l’université.

Avec leurs équipes d’enseignants et d’enseignants-chercheurs, les trois unités de formation et de recherche (UFR), organisées par grands domaines d’études, ont en charge l’ensemble des formations dispensées au sein de l’université. Les UFR ont à leur tête un directeur (assisté d'un directeur-adjoint) et sont régies par un Conseil d’élus rassemblant enseignants, personnels administratifs et techniques, étudiants et personnalités extérieures.

Sciences des Territoires et de la Communication (STC) constitue une des trois UFR de l'Université Michel de Montaigne Bordeaux 3. A son conseil sont représentés le Conseil Régional d'Aquitaine, la Communauté Urbaine de Bordeaux, la Caisse des Dépôts et Consignations, l'Agence A-Urba, Aquitaine Europe Communication et le Groupe Sud Ouest.